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昆虫採集のため砂丘を訪れた31歳の教師・仁木順平は、バスを逃し、砂に埋もれかけた村の一軒に泊まることになる。翌朝、脱出しようとするが、縄梯子が外されており、出られない。村人たちは砂掻きの人手を欲しており、順平は寡婦と共に砂を掻き続けることを強いられる。何度も脱出を試みるが失敗し、次第に女との関係も深まっていく。留水装置の開発に没頭する中、女が妊娠し病院に運ばれる。脱出のチャンスが訪れるが、順平はもはや逃げようとしない。7年後、順平は失踪者として死亡認定される。砂の中で人間の自由と束縛、存在の意味を問う物語。