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『アルジャーノンに花束を』は、知的障害を持つ32歳の青年チャーリイ・ゴードンの物語です。チャーリイは、パン屋で働きながら知的障害者専門の学習クラスに通い、知能を向上させたいと強く願っています。彼の純粋で優しい性格は周囲の人々に愛されていますが、彼自身はもっと賢くなりたいと願っています。ある日、チャーリイはクラスの担任である大学教授アリスから、新しい脳手術を受けるよう勧められます。この手術は、動物実験で成功を収めたもので、実験対象となったハツカネズミのアルジャーノンは驚くべき記憶力と思考力を発揮しています。チャーリイは手術を受けることを決意し、手術は成功します。手術後、チャーリイの知能は急速に向上し、彼は天才的な知識と能力を持つようになります。しかし、知能の向上と共に、彼は周囲の人々との関係に困難を感じ始めます。以前は親切で優しかった人々が、彼の変化に対して嫉妬や恐れを抱くようになり、彼は孤独感を深めていきます。また、チャーリイは自分の過去の記憶や感情に直面し、自己認識を深める過程で苦悩します。チャーリイは、手術の影響が一時的であることを知り、やがて再び知能が低下することを予期します。彼は、知能が低下する前に自分の経験や感情を記録し、他の人々が同じ過ちを繰り返さないように願います。最終的に、チャーリイは再び知的障害を持つ状態に戻り、彼の友人であったアルジャーノンも死んでしまいます。チャーリイは、アルジャーノンの墓に花を供えることを決意し、物語は終わります。