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『ドグラ・マグラ』は、記憶を失った青年「私」が精神病院で目覚めるところから始まる。彼は自分の名前も過去も覚えておらず、唯一覚えているのは時計の音だけ。隣の部屋からは少女の悲痛なうめき声が聞こえ、医師の若林博士からその少女がいとこで許婚だと告げられる。さらに、青年は殺人事件を起こしたと知らされるが、全く身に覚えがない。博士は、青年が生まれる前からの心理遺伝を実証するための実験の一環であり、その記憶を取り戻すことが実験の成功だと説明する。青年は博士から奇妙な話や学術書を読まされ、その中で『ドグラ・マグラ』という書物に出会う。次第に、青年自身が精神病者の大学生であり、作中作の『ドグラ・マグラ』を書いたのではないかという疑念が生じる。物語は、現実と幻覚、過去と現在が交錯する中で、青年の真実を探る旅を描く。